En cualquier caso, en el texto viene todo explicado. La distancia al centro es representativa de la frecuencia absoluta de cada sonido. En este sentido, cada octava más aguda implica una mayor diferencia de frecuencias, ergo, una mayor “distancia”. Por ejemplo la 220 Hz, la 440 Hz y la 880 Hz. La “distancia” o la diferencia de frecuencias del primero al segundo, es 220 Hz. La diferencia de frecuencias del segundo al tercero es 440 Hz.

Como bien dices, todas las octavas, para el oído, son iguales, ya que nuestra percepción del sonido en este ámbito es logarítmica (como la espiral, por cierto). Para eso sirven los ángulos: a ángulos iguales, intervalos iguales. Pero, en este caso, es el ángulo el que representa esa igualdad. Cada octava viene representada por un ángulo de 2pi.

No es que la representación esté mal, es que no representa lo que tú crees o lo que estabas esperando. Es como si piensas que una gráfica que relaciona la velocidad con el tiempo representa “mal” el espacio o da una visualización “incorrecta” de la aceleración. Sencillamente, estás buscando peras en una carnicería.
En este caso, las distancias no son intervalos, son diferencias de frecuencias. Los ángulos son los intervalos.